Le microbiote intestinal est un véritable écosystème microscopique peuplé de bactérie, champignons et virus.
Depuis plusieurs années, les scientifiques se penchent sur ce petit monde bien mystérieux.
Une récente découverte a révélé la présence d’un nouvel habitant : les obélisques.
« Il y a un monde, mais il est dehors« , écrivait le Britannique Aldous Huxley. En réalité, il y a aussi un monde, mais il est à l’intérieur de nous. Le microbiote, par exemple, est un véritable écosystème microscopique. C’est un ensemble de micro-organismes (bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes) qui vivent dans cet environnement. L’Inserm explique que dans « l’organisme, il existe différents microbiotes : au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des poumons« . Mais le plus « peuplé » est le microbiote intestinal, localisé principalement dans l’intestin grêle et le côlon. Parfois surnommé le deuxième cerveau, ce petit monde joue plusieurs rôles clés et pas simplement dans la digestion : il régule le système immunitaire.
Un nouvel habitant dans le microbiote intestinal
Déséquilibré, le microbiote peut exercer une influence sur la santé physique, le métabolisme, mais également la santé mentale. Ces dernières années, les scientifiques s’intéressent de plus en plus à ce monde à la fois mystérieux et fascinant. Récemment, ils ont découvert une nouvelle espèce vivant non seulement dans le microbiote de la bouche, mais aussi de l’intestin : les obélisques. En janvier 2024, des chercheurs de l’université de Stanford (nouvelle fenêtre) ont détecté la présence d’un nouveau genre de viroïdes, nommés « obélisques ». Les viroïdes sont « de petits éléments de matériel génétique (ARN circulaire) dépourvus d’enveloppe protéique et de la capacité de coder pour des protéines« , explique José Miguel Soriano del Castillo, professeur de nutrition et bromatologie du département de médecine préventive et de santé publique de l’université de Valence dans un article publié dans The Conversation. Ces obélisques, du fait de leur apparence en forme de tube, sont de minuscules structures ARN. Celles-ci se distinguent des « viroïdes classiques » par l’absence d’enveloppe et par leur incapacité à coder les protéines. Elles ont ainsi besoin d’une cellule hôte pour s’approprier les enzymes nécessaires à leur réplication. Néanmoins, pour les chercheurs, ces obélisques ne sont pas des virus à proprement parler.
Une avancée pour comprendre l’évolution des virus
« Ces entités biologiques peuvent persister dans les individus pendant plus de 300 jours, on peut penser qu’elles ont des effets à long terme sur leurs hôtes, mais on ne sait toujours pas si leur présence est positive, neutre ou négative« , souligne José Miguel Soriano del Castillo. Toutefois, cette grande découverte, considérée comme l’une des plus grandes de l’année 2024, « ouvre un nouveau champ d’études et soulève même la possibilité de redéfinir des concepts, peut-être, devenus obsolètes, comme celui de microbiome« . Des travaux sont toujours en cours et ils pourraient permettre de trancher une grande question, à savoir si les virus évoluent à partir de viroïdes ou bien si les virus ont d’abord émergé avant d’effectuer une réversion. Pour Simon Roux, biologiste informatique au Lawrence Berkeley National Laboratory, cité par Science.org, « C’est l’un des aspects les plus passionnants du travail actuel dans ce domaine. Nous pouvons voir le tableau de l’évolution à long terme des virus sur Terre commencer à se dessiner lentement« .
