La Cour des comptes donne implicitement raison au gouvernement d’avoir réduit de 100 millions d’euros la dotation du CNRS dans le budget 2025. Son dernier rapport, mardi 25 mars, consacré au « deuxième opérateur de l’Etat en termes d’effectif [34 289 agents dont presque 11 000 chercheurs] derrière France Travail » , estime en effet que l’institution de recherche, avec un budget de près de 4 milliards d’euros, jouit d’une « situation financière florissante ». Son analyse montre que les caisses de l’organisme comptaient, fin 2023, 1,4 milliard d’euros, sur lesquels près de 180 millions ont été finalement prélevés lors du vote du budget rectificatif du CNRS en mars 2025.

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Les magistrats saluent pourtant une « maturité dans le domaine de la gestion digne d’être relevée », écartant le soupçon de trésor caché dans les laboratoires. L’augmentation n’est pas due à un excès de prudence du CNRS, mais à son propre succès dans la quête de financements. Les activités de recherche de l’organisme, comme celles des autres établissements, dépendent en effet moins de la subvention directe apportée par l’Etat (qui sert à plus de 95 % à payer les salaires) que des succès remportés dans les différents appels d’offres nationaux ou européens. Voire aux ressources dégagées par les activités de service de diverses plateformes technologiques.

Le « problème » viendrait pour une bonne part d’une « sous-exécution des budgets » de ces projets (ils ne sont pas entièrement dépensés). Les magistrats financiers préconisent donc de mieux identifier ce qui relève de dépenses « fléchées » (liées à un projet). Ils souhaitent aussi une meilleure programmation des dépenses pluriannuelles. Ce que l’organisme a déjà commencé à mettre en place, si l’on en croit la réponse de son président-directeur général, Antoine Petit, qui accompagne le rapport.

Le texte, consécutivement à plusieurs autres, tire aussi des signaux d’alarme dans le domaine de l’attractivité des carrières, du « fardeau administratif » et des logiciels de gestion.

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