« Ici, vois-tu, il faut courir autant qu’on le peut pour rester au même endroit. Quand on veut aller ailleurs, il faut courir au moins deux fois plus vite. » C’est avec ces mots que la reine Rouge s’adresse à Alice, dans le deuxième volet d’Alice aux pays des merveilles, de Lewis Carroll, De l’autre côté du miroir. Pour comprendre le lien avec l’immunologie, il faut imaginer une espèce hôte (comme une plante ou un animal) et une espèce pathogène qui l’infecte (virus, bactérie ou autre). Par sélection naturelle, au fil des générations, les hôtes vont développer des moyens de résister aux pathogènes. En réaction, les agents infectieux vont eux aussi développer des réponses contre-attaquant les nouvelles défenses de l’hôte. S’ensuit alors une course-poursuite évolutive entre les deux espèces, semblable au sur-place d’Alice. C’est ce qu’on appelle la théorie de la reine Rouge, ou course aux armements.
On peut donc imaginer que l’hôte et le pathogène courent pour rester au même endroit. En revanche, de par ses nombreuses adaptations en réponse à un pathogène spécifique, l’espèce hôte est censée rapidement diverger des espèces qui lui sont voisines et qui sont, elles, infectées par d’autres pathogènes. Ainsi, de nombreuses différences entre espèces sont liées à l’immunité. Même au sein de l’espèce humaine, les populations issues de diverses régions présentent différentes adaptations immunitaires.
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